A VCP adota políticas estratégicas de monitoramento e preservação das diversas espécies de plantas e animais existentes nas florestas nativas da Companhia.

Nesse sentido, desenvolve o programa Conserv-Ação, que realiza o reconhecimento e o monitoramento da biodiversidade nas áreas localizadas nos Estados de São Paulo, Rio Grande do Sul e Mato Grosso do Sul. O programa já dura mais de dez anos e também visa aprimorar as técnicas de manejo. Em parceria com a Casa da Floresta, o programa envolve 42 fazendas nas duas unidades florestais e mantém um valiosos banco de dados sobre a fauna e a flora dos biomas da Mata Atlântica, Cerrado e Pampas.

Em 2007, a VCP aderiu a mais uma iniciativa em defesa da biodiversidade nas florestas, o Projeto Corredor Ecológico do Vale do Paraíba. O projeto é liderado por instituições como Instituto Ethos, Fundação SOS Mata Atlântica e Instituto Tomie Ohtake e tem como meta reflorestar e recuperar 150 mil hectares de florestas no Vale do Paraíba em dez anos. O objetivo é interligar a Serra da Mantiqueira e a Serra do Mar por meio de corredores, promovendo o contato entre os dois biomas e estimulando a biodiversidade. Dentre a grande quantidade de terras adquiridas, arrendadas e administradas pela Companhia, algumas áreas estão localizadas próximas de unidades de conservação, de terras indígenas ou são reconhecidas como de alto índice de biodiversidade.

As operações em todas essas áreas têm como base procedimentos especificamente definidos e planos de manejo diferenciados. A definição para locação das áreas de reserva legal, por exemplo, leva em consideração aspectos como a formação de corredores para o fluxo gênico de fauna e flora e conceitos de manejo de paisagem. A VCP possui o Procedimento Operacional de Planejamento Ambiental, que orienta e fornece subsídios técnicos à área operacional das unidades florestais, com a finalidade de atender à legislação ambiental e contribuir para a conservação do meio ambiente. Mesmo em unidades ainda não certificadas, seu Sistema de Gerenciamento Ambiental Florestal já aplica os requisitos da ISO 14001, do FSC e do Cerflor.

Aproximadamente 40% das áreas administradas pela Companhia são mantidas como áreas de conservação. Esse percentual é bastante superior ao exigido pela legislação e tal fato decorre da preocupação com a proteção integral de importantes corpos hídricos e de elementos da paisagem, como árvores imunes ao corte, afloramentos rochosos, espécies ameaçadas de extinção, entre outros.

Nas áreas protegidas dentro de suas propriedades, realiza ainda programas de monitoramento e recuperação ambiental, de acordo com sua política de meio ambiente. Esses programas são acompanhados de estudos e monitoramento dos principais impactos na biodiversidade, abrangendo espécies ameaçadas de extinção e microbacias hidrográficas.

Esses estudos, realizados muitas vezes com apoio de diferentes parceiros estratégicos, já identificaram diferentes espécies da fauna e flora que merecem especial atenção nos cuidados de preservação e recuperação das áreas por estarem em risco de extinção.