Nesse sentido, desenvolve o programa Conserv-Ação, que realiza o reconhecimento e o monitoramento da biodiversidade nas áreas localizadas nos Estados de São Paulo, Rio Grande do Sul e Mato Grosso do Sul. O programa já dura mais de dez anos e também visa aprimorar as técnicas de manejo. Em parceria com a Casa da Floresta, o programa envolve 42 fazendas nas duas unidades florestais e mantém um valiosos banco de dados sobre a fauna e a flora dos biomas da Mata Atlântica, Cerrado e Pampas. 

Em 2007, a VCP aderiu a mais uma iniciativa em defesa da biodiversidade nas florestas, o Projeto Corredor Ecológico do Vale do Paraíba. O projeto é liderado por instituições como Instituto Ethos, Fundação SOS Mata Atlântica e Instituto Tomie Ohtake e tem como meta reflorestar e recuperar 150 mil hectares de florestas no Vale do Paraíba em dez anos. O objetivo é interligar a Serra da Mantiqueira e a Serra do Mar por meio de corredores, promovendo o contato entre os dois biomas e estimulando a biodiversidade. Dentre a grande quantidade de terras adquiridas, arrendadas e administradas pela Companhia, algumas áreas estão localizadas próximas de unidades de conservação, de terras indígenas ou são reconhecidas como de alto índice de biodiversidade.

Na unidade florestal São Paulo, a Empresa opera áreas na zona de amortecimento do Parque Estadual da Serra do Mar (Núcleo Santa Virgínia – Natividade da Serra, São Luiz do Paraitinga e Redenção da Serra) que totalizam aproximadamente 6.366 hectares de área total, dos quais 2.750 hectares são destinados à conservação (Área de Proteção Permanente e Reserva Legal). 

Possui ainda a Fazenda São Sebastião do Ribeirão Grande em Pindamonhangaba, que faz fronteira com o Parque Estadual de Campos do Jordão e é reconhecida como de alto índice de biodiversidade. Os 1706 hectares dessa fazenda são integralmente reservados à conservação da biodiversidade. 

Na unidade florestal Mato Grosso do Sul, a VCP possui algumas fazendas próximas a terras indígenas e unidades de conservação. São quatro fazendas (Brasilândia, Atlântida, Santa Maria e Jandaia) localizadas a uma distância superior a dois quilômetros de áreas indígenas e outras duas fazendas (Laguna e Alagoas) que estão localizadas, ambas, a aproximadamente nove quilômetros de distância do Parque Natural Municipal de Jupiá e do Parque Natural Municipal do Recanto das Capivaras. 

Na unidade florestal Rio Grande do Sul, possui uma fazenda (Sangradouro) que está incluída em uma Reserva Biológica Estadual, no município de Arroio Grande – que está implantada legalmente, mas não de fato. Nessa fazenda – que tem 4 mil hectares, dos quais mais da metade na área demarcada pela Reserva –, a VCP não realiza operações florestais, atentando para a necessidade de proteção da biodiversidade. A Empresa assinou com o Governo do Estado do Rio Grande do Sul um protocolo de intenções para a efetiva instalação da Reserva, iniciando pelo plano de manejo, fundamental para o adequado gerenciamento ambiental da área. 

As operações em todas essas áreas têm como base procedimentos especificamente definidos e planos de manejo diferenciados. A definição para locação das áreas de reserva legal, por exemplo, leva em consideração aspectos como a formação de corredores para o fluxo gênico de fauna e flora e conceitos de manejo de paisagem. A VCP possui o Procedimento Operacional de Planejamento Ambiental, que orienta e fornece subsídios técnicos à área operacional das unidades florestais, com a finalidade de atender à legislação ambiental e contribuir para a conservação do meio ambiente. Mesmo em unidades ainda não certificadas, seu Sistema de Gerenciamento Ambiental Florestal já aplica os requisitos da ISO 14001, do FSC e do Cerflor. 

Aproximadamente 40% das áreas administradas pela Companhia são mantidas como áreas de conservação. Esse percentual é bastante superior ao exigido pela legislação e tal fato decorre da preocupação com a proteção integral de importantes corpos hídricos e de elementos da paisagem, como árvores imunes ao corte, afloramentos rochosos, espécies ameaçadas de extinção, entre outros. 

Nas áreas protegidas dentro de suas propriedades, realiza ainda programas de monitoramento e recuperação ambiental, de acordo com sua política de meio ambiente. Esses programas são acompanhados de estudos e monitoramento dos principais impactos na biodiversidade, abrangendo espécies ameaçadas de extinção e microbacias hidrográficas. 

Esses estudos, realizados muitas vezes com apoio de diferentes parceiros estratégicos, já identificaram diferentes espécies da fauna e flora que merecem especial atenção nos cuidados de preservação e recuperação das áreas por estarem em risco de extinção. 

Na unidade florestal São Paulo, por meio do programa Conserv-Ação, já foram registradas 381 espécies da avifauna nas fazendas da VCP, o que representa 48,8% das espécies que existem no Estado de São Paulo. Algumas delas são consideradas ameaçadas ou provavelmente ameaçadas de extinção no Estado. Foram ainda identificadas 38 espécies de mamíferos, das quais 13 ameaçadas de extinção, como felinos (onça-parda, jaguatirica); primatas (muriqui e sagüi-da-serra escuro); roedores (paca e cutia). Também foram identificadas 717 espécies vegetais, das quais 20 ameaçadas de extinção. 

Na unidade florestal Mato Grosso do Sul, foram registradas 30 espécies de mamíferos, das quais sete estão ameaçadas de extinção: tamanduábandeira, tatu-canastra, jaguatirica, onça-parda, lobo-guará, queixada e o cervo-do-pantanal. 

Nos monitoramentos periódicos de fauna e flora nas áreas da unidade florestal do Rio Grande do Sul foram mapeadas diversas espécies importantes de aves, peixes e cactos, além de algumas árvores raras. Ao todo, foram identificadas 39 espécies de gramíneas, quatro arbóreas, sete de mamíferos de grande porte, 12 de mamíferos de pequeno porte, 12 de aves, duas de peixes, duas de abelhas nativas e três de répteis considerados ameaçados.